Cerca de la mitad del siglo XVIII, en el 1759, empiezan los estancieros prominentes de la región del Cabo Rojo, un movimiento para separarse de la Villa de San Germán. Años después, escogen a don Nicolás Ramírez de Arellano, regidor y alférez Real del Cabildo de San Germán, para que fungiendo como su apoderado, gestionara el otorgamiento del título de parroquia y de municipio a Cabo Rojo. El 17 de diciembre de 1771 el rey Carlos III, mediante orden real, dio el permiso para la fundación del lugar como pueblo aparte. Dos años después los vecinos construyeron una ermita que dedicaron a San José. Sin embargo, aunque en ella se celebraba culto, la parroquia como tal fue erigida el 29 de septiembre de 1783 bajo el patronato de San Miguel Arcángel, aparentemente en honor de don Miguel de Muesas, gobernador de la isla que había mediado para obtener el permiso de fundación del pueblo. El templo parroquial comenzó a construirse en 1785.
Una descripción de la iglesia que data de 1843 decía que ésta contaba con tres naves separadas por arcadas de madera, cubierta de tejas, con cielo raso de tabla y bóveda fingida. Sabemos que en el 1861 tenía un campanario ya que hay un informe de ese año que indica la destrucción que su torre sufrió debido a un rayo. También en otro informe de 1878 se menciona que van a dar principio a la construcción de una fachada. Durante todos estos años hasta las primeras décadas del siglo XX la nave central era demasiado baja.
Con la llegada de la Orden de San Agustín en 1905 se abrió un nuevo capítulo en la historia de la parroquia. Se establecen capillas en diferentes puntos: La primera de ellas fue la capilla de Joyuda en 1907, la de Llanos Tuna en 1911 y la de Boquerón en 1913. Todas gracias al padre Juan Torner, O.S.A.
El padre Juan García, O.S.A., tomó posesión de la parroquia en marzo de 1925 y la pastoreó hasta el 1927. Durante ese tiempo recogió dinero para construir la cúpula sobre el altar mayor y reparar la sacristía. En 1927 sucede a este padre su hermano de hábito, el padre Benito Sánchez, O.S.A., quien con los fondos que encontró y los que él mismo recogió, levantó la altura de la nave central diez pies adicionales, pudiendo así construir un coro sobre la entrada principal. Con el cambio, el interior adquirió más luminosidad. El padre Benito murió en 1936 y es el primer agustino que muere en Cabo Rojo y el único allí enterrado. Su sucesor, el padre Pedro Alvarez, O.S.A. fue quien mandó a construir la casa parroquial adosada a la parte posterior del templo.
En septiembre de 1943, y después de haber sido coadjutor y párroco interino en varias ocasiones, fue nombrado párroco el padre Máximo Alvarez, O.S.A. Entre sus obras están la colocación del altar mayor en mármol artificial, los bancos de caoba para acomodar a la feligresía, los dos ángeles adoradores y la construcción de la verja y el atrio que rodea el templo, inaugurados ambos en enero de 1948. Pero una de las obras por la que se vanagloriaba el padre Maximino no estaba relacionada con la construcción de edificios. Fue él quien invitó y obtuvo que las Hermanas Misioneras de la Santísima Trinidad llegaran a la parroquia en 1946 para ayudar a los padres. Entre las tres primeras que llegaron cabe destacar la presencia de Sor Isolina Ferré.
En el 1955 los agustinos celebraron por todo lo alto el aniversario de oro de su presencia en Cabo Rojo. Ese año inauguraron el Colegio de San Agustín, construido durante el pastoreo del padre Francisco Larrán, O.S.A. en un terreno adquirido por su predecesor, el padre Cándido Herrero, O.S.A. Otra obra importante del padre Larrán fue la reconstrucción del templo parroquial, finalizada en 1963. Los arreglos incluyeron el cambio del techo por una gigantesca bóveda de hormigón armado, eliminando así las arcadas que dividían la estructura interna en tres naves, creando un espacio visual abierto. También fue reconstruida, pero esta vez en hormigón armado, la cúpula de madera colocada sobre el altar mayor alrededor de 1926.
Después de ocho décadas de presencia agustina en Cabo Rojo, el año de 1988 marca el fin de su apostolado en esa jurisdicción. En junio de ese año el clero diocesano, dirigido por el padre Rafael Sastre y los coadjutores, el padre Angel Ortiz Vélez y el padre Marcelino Arocho, retomaba el pastoreo. Al momento de escribir estas líneas en septiembre del 2000 el padre Angel Ortiz Vélez tiene a su cargo la parroquia y se encuentra en una campaña para la reparación de los vitrales, la verja, el atrio de la Iglesia y la reconstrucción de algunas de las capillas